Công ty Phú Mỹ Hưng được phép khai thác và phát triển 5 cụm đô thị (750 ha), tạo thành một trung tâm thương mại, tài chính quốc tế tại khu vực Đông Nam Á:

• Khu A - Trung tâm đô thị mới (409 ha): là tâm điểm của toàn khu đô thị, nơi thu hút các nhà đầu tư, kinh doanh. Với đặc điểm kiến trúc của phố Causeway Bay ở Hồng Kông.
• Khu B - Khu Làng Đại học (95 ha): khu ứng dụng mô phỏng đầu tiên tại Việt Nam lấy ý tưởng và kinh nghiệm từ công trình hình thành cộng đồng quanh thung lũng Silicon tại San Jose, California, Hoa Kỳ và các công viên công nghiệp khoa học tại Đài Loan. Khu Làng Đại học là một khu chức năng hỗn hợp gồm khu dân cư, khu thương nghiệp, dịch vụ địa phương và các khu công trình công cộng (chiếm 18 ha). Tại đây có phân hiệu của Trường Đại học RMIT của Úc.
• Khu C - Khu Trung tâm Kỹ thuật cao (46 ha): nằm tại giao lộ Nguyễn Văn Linh và Hương lộ 7, nơi tập trung các xí nghiệp liên quan đến công nghệ phát triển công nghiệp kỹ thuật cao tại Việt Nam, bao quanh bởi một khu vực có chức năng đa hợp tạo điều kiện đầy đủ cho những người sinh sống và làm việc ở đây.
• Khu D - Trung tâm Lưu thông Hàng hóa II (85 ha): nằm tại ngã ba sông Bến Lức và sông Cần Giuộc, thuận lọi cho các cơ sở bến cảng, là đầu mối lớn về phân phối và lưu thông hàng hóa, là nơi tồn trữ lương thực, kho hàng công nghiệp liên quan, có một số khu chức năng hỗn hợp thương mại và dân cư, với 5 ha cho các công trình công cộng.
• Khu E - Trung tâm Lưu thông Hàng hóa I (115 ha): nằm tại giao lộ Quốc lộ 1A và đại lộ Nguyễn Văn Linh, gồm 5 khu: Khu Thương mại Quốc tế, Khu Thương mại Đại lộ Nguyễn Văn Linh, Khu Kho bãi Công nghiệp, Khu Cảng và Trung chuyển Hàng hóa, Khu Dân cư Hỗn hợp. Khu E có trí thuận lợi để lưu thông hàng hoá từ mọi hướng bằng đường thủy và đường bộ. Đất dự trữ cho các công trình công cộng chiếm 14 ha.[2]